La plus haute juridiction administrative avait estimé que la procédure d'élaboration du décret n'avait pas été respectée par le gouvernement.

A la suite de cette première annulation, le Conseil d'Etat a prononcé "par voie de conséquence" l'annulation des deux arrêtés d'application de janvier 2006, dans une décision rendue le 29 août 2008.
La plus haute juridiction administrative a donné ainsi raison à neuf départements (Tarn, Pyrénées-Orientales, Landes, Haute-Garonne, Alpes-de-Haute-Provence, Nord, Saône-et-Loire, Seine-et-Marne, Finistère) ainsi qu'à la région Midi-Pyrénées, qui avaient déposé une requête en annulation.

Comme il l'avait précisé en annulant le décret de décembre 2005, le Conseil d'Etat n'a pas donné à ces annulations un caractère rétroactif.

Une annulation rétroactive aurait constitué "une atteinte manifestement excessive", notamment pour les personnels et les missions qu'on leur demande d'exercer.

Les agents concernés par ces transferts devaient en effet choisir entre le statut de fonctionnaire territorial et le maintien de leur statut de fonctionnaire d'Etat, pour une entrée en vigueur "au plus tard le 1er janvier 2009", a expliqué la juridiction qui a décidé de retenir cette date comme point de départ de l'annulation des textes gouvernementaux attaqués.